Category: природа

Category was added automatically. Read all entries about "природа".

Alexei Kouprianov

Jaccard similarity index in R / Коэффициент Жаккара в R

Есть такая довольно часто используемая в разных неожиданных местах штука -- коэффициент Жаккара. Исходно был предложен для сравнения флор (списков видов растений) разных регионов. Рассчитывается довольно просто -- как отношение пересечения множеств (списков) к их объединению. Упрощенная формула обычно приводится в виде J = C/(A+B-C), где C -- количество элементов, общих для сравниваемых множеств, а A и B -- количество элементов в каждом из сравниваемых множеств. Подумал, что такое, вообще-то, должно легко считаться в R. И точно, есть какие-то пакеты, где сразу считается не только коэффициент Жаккара, но и море каких-то других коэффициентов. Вместе с тем, (1) они были какие-то немного контринтуитивные в применении и (2) считали его какими-то странными способами. Погуглил еще немного, нашел целое семейство функций, которые работают со списками, и состряпал приемлемое для себя решение. Пока не забыл, запишу:

length(intersect(j1,j2))/length(unique(c(j1,j2)))

Где j1 и j2 -- сравниваемые векторы (UPD: в пределах одного вектора элементы гарантированно не повторяются). Не забыть бы теперь сыскать все это, когда понадобится сосчитать... R -- великая сила.



This entry was originally posted at http://kouprianov.dreamwidth.org/270029.html Comment wherever you wish.
  • Tags
Alexei Kouprianov

Pseudo R-Squared при фите логистической кривой

Столкнулся с проблемой. Есть ряд данных, который должен изображать логистический рост (сначала растем медленно, потом быстро, потом снова замедляемся, выходя на плато). Надо было сделать фит логистической кривой и понять, насколько хорошо она это делает. Задача стандартная, но я ее решать не умею, потому решал, как мог.

Collapse )

Короче говоря, я запутался. Поскольку в эпсилон-окрестности есть несколько человек, которые, в отличие от меня, знают, как делать фиты, может быть, кто-то из них сжалится и скажет что-то, что выведет меня из тьмы невежества?</p>

This entry was originally posted at http://kouprianov.dreamwidth.org/239617.html Comment wherever you wish.
Alexei Kouprianov

Ржавчина плагиата поражает и биологов

Я, собственно, совершенно не собирался никого ловить за руку. Я просто искал в Интернете внятное описание коэффициентов сходства между сообществами. Эти поиски вывели меня на выложенное на сайте Владивостокского государственного университета экономики и сервиса главу из «Системной экологии» за авторством В. И. Дулепова, О. А. Лесковой и И. С. Майорова (судя по всему, все из лаборатории экологических систем Института проблем морских технологий ДВО РАН). Каково же было мое изумление, когда я обнаружил, что интересующий меня раздел полностью, с самыми минимальными изменениями списан со старого доброго руководства В. М. Шмидта (Шмидт В. М. Математические методы в ботанике: учебное пособие. Л.: изд-во Ленингр. ун-та, 1984. 228 с.). Списанный кусок охватывает стр. 231-237 работы Шмидта. Списано решительно все: текст, формулы и таблицы с примерами. В качестве иллюстрации привожу сопоставление фрагментов текста. Один -- из начала, второй -- из середины, чтобы показать, как своеобразно новые «авторы» обходились со ссылками на литературу, имевшимися в оригинальной работе. Не цитирую более обширно только потому, что не хочу возиться с формулами и вешать картинки.

Табл. 1. Сравнение двух текстов. Отличия выделены цветом.

Collapse )

Понять, какая из двух бумажных книг (Дулепов В. И, Майоров И. С, Лескова О. А. Системная экология. Учебное пособие. Владивосток: Издательство ВГУЭС, 2004. 252 с. или Дулепов В. И., Лескова О. А., Майоров И. С. Системная экология. Биоинформационный анализ. Владивосток: Изд-во ТГЭУ, 2010. 307 с.) выложена в сеть, невозможно. Ни та, ни другая книга до РНБ пока не добрались. Полагаю, что вряд ли доберутся.

Какое-то гадкое ощущение. Нет, чтобы, например, переиздать Шмидта или написать нечто тривиальное, но самостоятельное. Но нет, это убогое, примитивное списывание. Раньше мне казалось, что такое характерно, скорее, для так называемых «гуманитариев», которые службы не знают, однако теперь воочию убедился, что естественники тоже немало деградировали.

UPD: Оказывается, у Шмидта украдено еще три главы.